五河士道只是一名普通的高校二年生，然而在在四月十日，隨著一場奇怪的大爆炸，一名身穿盔甲手持大劍的神秘少女出現在了他的面前。這名少女的正體是“精靈”，是會給世界帶來災難的存在，而這名少女也正遭到對精靈部隊·AST的攻擊。於是，有著會去幫助有困難、悲傷的人的溫柔性格的士道，主動提出要與精靈進行交涉的任務，…